A colônia Japonesa nasceu em 1938, de maio a junho chegaram as seguintes famílias: Toshima Ishihara, Kaoru Uehara, Nakajima, Tamura, Hashimoto, Miyata, Watanabe, Kitaro, Sunada, Tagashi, Hoshikawa, Torazo Tiba e Tozaka, buscando novas terras para plantio de verduras, para abastecer a cidade de Rio de Janeiro.
Houve atuação do Ministério da Agricultura para a escolha da região e da Cooperativa Agrícola de Cotia, que decidiram estabelecer uma Colônia Japonesa em Santa Cruz.
Em 1939 e 1940 chegaram Keitaro Sudo, Rikio, Sussumu, Tamaichi, Enosuke Togaki, Yamguchi, Tiomatsu Togaki, Watanabe, Oguro, Ishizu, Kusuhara, Takahashi, Suzuki, Oki, Matsugoro Hoshima Fukamachi e Goshi. Totalizaram cerca de 40 famílias na região.
A atividade básica era a plantação de hortaliças, principalmente o tomate. Nesta época foi desenvolvido o Tomate Santa Cruz, que teve boa aceitação no mercado. Depois de alguns anos, muitos agricultores mudaram suas atividades para produção de banana. Em 1949 foi construída a primeira escola para ensino da língua japonesa. A existência de escolas estrangeiras foi proibida por decreto presidencial em 1938.
Em 1950 iniciou-se a criação de galinhas que durou até 1967. Depois disto, o cultivo da mandioca e batata doce tomaram lugar e atualmente predomina a plantação de coqueiro anão.
Em 2018 a Associação conta com 14 famílias associadas que corresponde também a número famílias que residem em Santa Cruz.