O Japão passava por sérios problemas no pós-Guerra, sendo um deles o fechamento das minas de carvão que acarretou uma quantidade enorme de desempregados. Uma das soluções foi incentivar a emigração, o que foi possibilitada pela assinatura de um acordo Brasil-Japão em 1954 estabelecendo cotas de imigração. Assim se decidiu pela implantação de colônias agrícolas no Brasil, sendo uma delas a de Funchal.
Quando se estabeleceu a colônia de Funchal já existiam várias outras no Estado, na Baixada Fluminense, em Teresópolis e em Nova Friburgo, formadas pela migração de famílias de outros estados. A de Funchal foi a única do Rio formada sob administração direta da JICA.
Em 1959 em Nova Iguaçu, uma área de 1.015 hectares foi medida e dividida em lotes. E, o primeiro grupo de 4 famílias chegou em 11 de abril com seus lotes escolhidos e comprados. Em 1961, 47 famílias haviam se estabelecido na região. Desse total, 50% eram funcionários das mineradoras, 40% professores, técnicos ou comerciantes e apenas 10% eram agricultores. Todos tiveram que se adaptar à nova realidade.
Em fevereiro de 1962, as famílias tiveram suas tarefas agrícolas facilitadas ao se associarem a Cooperativa Agrícola de Cotia CAC. Deram início às plantações de hortaliças, mas logo enfrentaram problemas na qualidade do solo e na comercialização dos produtos. Iniciaram então o plantio experimental de goiaba e mais tarde, na década de 80, tentaram a avicultura, que já se encontrava estabelecida em São Paulo. Desistiram, pois não puderam superar a concorrência e assim a goiaba se tornou o principal produto cultivado. Em 2008 a goiaba representava 70% da produção agrícola total de Funchal. Outros produtos cultivados são: maracujá, pepino japonês, abobrinha italiana, cebolinha e pupunha. O cultivo de flores, notadamente orquídeas, também faz parte da produção atual.
Em maio de 1967, iniciando simbolicamente as comemorações dos 60 anos da imigração japonesa em 1968, o Imperador Akihito, ainda príncipe herdeiro e sua esposa Michiko fizeram uma visita oficial ao Brasil. Nessa ocasião eles visitaram Funchal. Em dezembro desse ano iniciaram as atividades da escola de língua japonesa com a professora Hideko Kato. 
Em 1972, a colônia de Funchal associou-se ao Renmei do Rio, e em 1977 foi inaugurada a Sede. Foram pioneiros em softball, conquistando o tricampeonato em 83-84-85 e bicampeonato em 89-90. Destacamos em Funchal as figuras de Teruo Ichimura, Makoto Tsumori, Kenichi Komatsu.
A febre de dekasseguis, a migração dos descendentes para os grandes centros e a mudança para a atividade comercial, fizeram com que apenas 24 famílias permanecessem em Funchal.